Strategicznym celem systemu HACCP jest zapewnienie bezpieczeństwa żywności na przestrzeni całego procesu jej produkcji - rozpoczynając od produkcji pierwotnej, a kończąc na jej dystrybucji i stole konsumenta.
System HACCP jest nierozerwalnie związany z realizacją zasad Dobrej Praktyki Higienicznej (GHP, Good Hygienic Practice) i Dobrej Praktyki Produkcyjnej (GMP, Good Manufacturing Practice}. Pozwala na uzyskanie pewności, że zakład wykonał wszystko dla bezpieczeństwa wyrobu i konsumenta, w odniesieniu do przepisów, zasad dobrej praktyki produkcyjnej i potrzeb klientów